本（花蓮）港於民國52年9月1日正式開放為國際港，為應港區治安需要，成立「花蓮港水上派出所」，隸屬基隆港務警察所管轄，迨民國54年9月16日因應實際情況升格為「臺灣省花蓮港務警察所」隸屬臺灣省政府警務處（民國86年1月更名為臺灣省政府警政廳），民國88年7月1日為配合政府組織再造計畫，因應臺灣省政府功能業務與組織調整，改隸內政部警政署，后配合上開「臺灣省政府功能業務與組織調整」第一階段完成後，所進行各部會地區辦公室及改隸機關組織之調整作業，制定「內政部警政署港務警察局組織通則」，民國90年12月16日機關改制更名為花蓮港務警察局，增設秘書室及和平工業專用港警察隊，仍隸屬內政部警政署，依港務法令執行職務時，並受花蓮港務局指揮、監督。民國103年1月1日機關改制更名為內政部警政署花蓮港務警察總隊，依港務法令執行職務時，並受交通部航港局之指揮、監督。

　　本總隊於民國54年正式成立時，編制員額僅29人，63年編制51人（增加22人）；78年度進用安檢警力41人（納編原警總執行安檢工作27人、接替執行安檢工作警察官14人）；80年度為應花蓮港擴建工程警力需求，依「充實警力方案」進用78人（專責警力），計編制員額170人，同年依「後續警政建設方案」再增安檢警力22名，合計編制員額192人；民國87年11月1日配合「警消分立」移撥消防小隊警力5人，另成立港務消防隊，編制員額減為187人；91年因應港務警察局組織通則制定公布施行，減列編制員額5人（以90年度預算員額為基準），修正後迄95年編制（法定）員額182人，預算員額166人；92年4月1日裁撤安檢警察隊，同年月10日秘書室成立運作；96年度因配合內政部入出國及移民署成立，移撥外事警員4人，編制（法定）員額仍維持182人，預算員額減列為162人；97年配合修正花蓮港務警察局辦事細則第4條、第10條部分條文，97年3月24日增置勤務指揮中心主任。有關本總隊內部單位及預算員額歷次調整情形如附件；101年配合預算員額調整政策，減列警員1人；103年機關改制更名為內政部警政署花蓮港務警察總隊，移撥減列預算員額10人，行政課改設行政科、督察室改設督訓科、刑事課改設刑事警察隊、東堤分駐所改設東堤中隊；106年配合預算員額調整政策，減列警員4人；107年配合預算員額調整政策，減列警員1人；109年配合行政院核定專案請增警察預算員額5人(巡佐1人、警員4人)；110年配合行政院核定專案請增警察預算員額5人(警務佐1人、警員4人)。有關本總隊內部單位及預算員額歷次調整情形如附件。

附件：內政部警政署花蓮港務警察總隊內部單位及員額歷次調整狀況簡表